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太古之时，天地未分，一切都处于名为“无极”混沌之中。
无极是不生不灭，无形无相，无始无终，无大无小的自然真空之态，是永恒不变之气。亿万年的岁月过去了，在那永恒不变之气的中心却逐渐萌生出了一丝变化，只是，这变化丝非常微小，也非常微妙。
这种微妙的变化叫做“太极”，太极是无极真空至纯至静化生出的先天混元一气，是分阴阳、判天地、一元周而复始的变易之气。又是亿万年的岁月流逝，混沌中心的那一丝变化，变得越来越明显、越来越剧烈；随着时间的继续流逝，那变化逐渐有了一个模糊的躯体，也逐渐有了一些朦胧的智慧。那一点点朦胧的智慧，随着时间的变化而增长，也随着躯体的变化而增加。终于，在某一天，这具躯体的主人苏醒了。
他用智慧的双眼看着身边那混沌的世界，也许他曾经彷徨过，也许他曾经无奈过，也许他曾经恐惧过，可是在最后，他始终不愿意屈服于眼前的混沌状况，终于想出办法劈开了那无尽的混沌世界。
被劈开的混沌之气飞扬于空间之中，轻清者属阳、成气飘扬在上，是为青天；重浊者属阴、成尘凝聚在下，是为大地。而那伟岸身躯的主人则傲立于天地之间，睥睨一切。天地从是时起得以分离，也间接地为我们现在这个世界的产生打好了基础，故此后世的人们都尊敬地称呼那开天辟地的伟人为“盘古”。
盘古那开天辟地的伟大行为，被后世贤人生动地比喻为“太极一动分两仪”，即是说先天混元一气静到极点而清浊分明，太极稍动而阴阳分离，阴阳分，则天地成。盘古孤独地静坐于自己开辟出的天地之间，饶有趣味地看着轻清之气飘扬、重浊之气凝聚，一坐又是千千万万年。有时他会面对群星呆望，有时他会为一颗偶然造访的流星而激动不已，只是，面对着空阔的天地，他总会有一种难以排遣的莫名情绪。
是孤独？是寂寞？是空虚？还是，别的什么？
当盘古意识到自己已经静坐了无数个日日夜夜，当他意识到自己永远不会感觉到疲惫，当他意识到自己将会有着永恒的生命时，他做出了他的选择——不是选择永远地与孤独寂寞相互陪伴，而是选择了瓦解自己的肉体从而给这孤寂的天地间增添一点变数——于是，继开天辟地之后天地间第二次巨变开始了。
盘古的呼吸，引动天之清气，形成风云；盘古无奈时的低吼，化为天地之间的霹雳雷霆；盘古的须发，落地生根，成为各色花草树木；盘古的躯干仰卧于大地之上，化成山脉平原，是为神州大地；盘古的血液脉络，伏于神州大地的地表地下，成为江河湖泊；盘古的骨骼筋络，成为神州大地下丰富的金属矿藏；盘古的汗水流淌，成为后世人竞相追求的“石油”；盘古以自己伟岸的身躯，改变了天地间的一切。
当盘古的肉体逐渐腐化以后，盘古强大的精神体逐渐显现。那强大的精神体由精、气、神、灵魂四大部分组成。当盘古的精神体分化为无数碎片以后，其中占绝大多数的精、气、神仍然有大部分得以保留，它们虽源出一体却互不相溶，各自在空中漂浮不定，并在时间长河中分别孕育出了一位伟大的神灵。
盘古无穷的精力孕育出天皇伏羲，盘古无尽的神力孕育出地皇女娲，盘古无量的气力孕育出人皇神农，这三位伟大的神灵被后来才出现的人类尊称为“上古三皇”，并享受着人类世世代代的顶礼膜拜。
盘古的灵魂，却没能像精、气、神那样成功地孕育出其他伟大的神灵，而是发生了一些异变——盘古的灵魂并非是一个统一的整体，而是分成了灵与魂两个部分。当盘古生存之时，灵与魂两个部分相互依附在一起的，不可分割；当盘古寂灭之时，灵与魂两个部分却相互排斥、水火不容地分道而行了。
分裂开来的盘古灵魂破碎成了无以计数的灵体、魂体，其中最为完整的五块盘古之灵像精、气、神一样留在神州，并分别孕育出了五种灵兽；而相对完整一些的盘古之魂却遁出了神州大地，不知所踪。
由盘古之灵分别孕育出的五种灵兽分别是：东方甲乙木青龙，西方庚辛金白虎，南方丙丁火朱雀，北方壬癸水玄武，中部戊己土黄麟，也就是后世人类常说的五种灵兽，他们各自掌握着“木、金、火、水、土”五种元素属性，并分别占据着“东、西、南、北、中”五个方位，默默地守护着由盘古肉身所化成的神奇大陆——神州。因精、气、神源于肉体，故而由精、气、神孕育而出的三皇与五灵兽并不相谐。
三皇虽属同宗同源，彼此之间所拥有的力量却有着很大的差异，三皇各自的想法也殊为不同。
天皇伏羲以生长于盘古之心上神树的果实为躯体，结合了一些拥有强大精力的灵体，并注入自己的精力，创造出“神”；由于神树果实来源比较稀少，所以神的数量很少，但是灵力非常强大。由于天皇伏羲感念神州大地无可留恋，众神又不耐大地浊气污染，遂率众神登天，由此定居于九天之上，吸收日月之精华，逐渐开始营建天界。众神为下界万物生灵所敬仰，故统称为神，天界亦被尊称为“神界”。
当强大的灵体结合了神树果实而成为“神”升入天界以后，相对虚弱的灵体就只能苦守在下界随时间流逝而自然消亡。因寒热交替、浊气污染的渐渐积累，天长日久之后虚弱的灵体们竟逐渐有了肉体之累，这便是“人类”最初的形态。后来地皇女娲感念众灵体生存不易，发大慈悲以土、水混合，附以自身血液和神力用杨柳枝条点化，结合那些虚弱的精魄，依自己的模样塑造创造出一种全新的物种——人类。
人类体态优美富有智慧，但体力相对较差，虽然没有特别的能力，但领悟力却极强。与天神们一起分享了盘古的精神对于人类而言，也不知是幸还是不幸，命运之轮似乎从一开始便注定了“人”与“神”之间这种既相互依存，又相互敌视的血亲关系。而从女娲造人的那一天起，人类就注定成为神州的主宰。
在地皇女娲造人的同时，人皇神农感念神州荒寂，遂仿照女娲的行为，以大地上的土石草木为身体，灌注自身气力，创造出千奇百怪的“兽”。由于人皇神农比较注重数量和能力，所以兽的种类、数量都非常多，不仅包含了各种走兽昆虫，而且还包含了飞禽与水中生物，这些兽类能力多样，但心智没有普遍开蒙，所以后来大部分都成了新生人类族群侵犯的对象，倒也为荒寂的神州大地凭空增添了许多生机。
因人皇神农施舍气力并借盘古肉身而化生的山川树木，飞禽走兽，感孕日月精华，同样有机会拥有意识与灵性。“它们”虽然拥有着本体，却依旧可以幻化出各种不同形态，这种兽中异类被人类称为“妖”。
神住在天界，俯瞰世间；人类和兽族则占据了大地，此外又有虚无缥缈的鬼界作为人、兽等各色生灵的轮回周转之所，几万年来都相安无事，后来却因为人类和兽族的过度繁衍，而屡屡发生冲突。住在天界的神虽然有男女之分，但交合繁衍后神的本体就会失去灵力逐渐死亡，并不能增加神的数量，因此被严禁交合繁衍。也因为这样，神的整体数量没有变化，成为高高在上俯瞰神州大地上人类与兽族争斗的旁观者。时间飞逝，光阴流转，多年的平静终被打破。忽有不世大妖于人间作乱、惹得天怒人怨，为避天界惩戒逃至不周山；天皇伏羲诏命火神祝融、水神共工各领人马前往降讨，未料由此却致不周山天柱倾颓之祸；天穹将颓，天河之水注入人间，神州大地之上人与兽不堪其祸望天祷告，天皇伏羲遂斩上古巨鳌四足支撑四极支撑天地四极；地皇女娲也不忍生灵涂炭、采天下五色灵石，借助五灵兽的力量对五色灵石加以淬炼，用其补天，终将这一场灭世之祸消弭于无形，地皇却因只身补天之举而灵力透支，再难复当日之神力。人类是最为善忘的种族，多年过去以后，他们早已遗忘了当年所遭遇过的灭世之祸，只在族中祭司之间还流传着关于女娲补天的传说。其时神州中原大地之上有轩辕黄帝，雄才大略，知人善任，又得天皇伏羲帮扶，欲使其一统中原，统领人类族群向天界俯首称臣；不想却遭遇九黎族不臣之事，九黎族长蚩尤之力竟不逊于神，九黎合族上下治兵势强与轩辕黄帝展开了殊死之战，轩辕黄帝全无反击之力败如山倒……